因為在通風柜運行的過程中有很多的使用細節是容易被大家忽視的，要是大家沒有按照正確的方法操作的話對實驗過程也會產生很大的影響。其作用是保護實驗人員的安全，但不正確的操作方法不但無法起到保護作用，還會留下安全隱憂。

       使用通風柜前，要保障其風速穩定，并在進行實驗前，開啟設備，檢查其運行是否穩定，有無異響，排查完畢后再將實驗儀器置于柜體里面進行操作。

       在其運行時，不能突然停止，需要進行實驗操作時，只能將手臂伸入柜體進行操作，不能將頭探入柜體里面，這是因為實驗進行時，難免會產生有危險的反應，如果盲目進入，會吸入有害氣體或物質，危險可能會產生爆破、燃燒，危及到人員的生命安全，因此只能在適過視窗進行觀察，不能將身體其他部位探入柜體里面。

       當實驗完畢時，不能直接關閉通風柜，或者直接將實驗儀器取出，需要開啟，等待有害氣體排掉后，才可關閉設備，一旦突然關閉設備，會造成有害氣體留下，造成室內空間的污染。